تأسس قسم هندسة الطاقة سنة 1982 تحت اسم ” قسم الهندسة النووية” وكان حينها نظام الدراسة يعتمد على استقبال الطلبة الذين اجتازوا المرحلة الثالثة وكانت عملية انتقاء الطلبة تعتمد على إختيار المتفوقين في الأقسام الهندسية (الكهرباء والألكترونيك والميكانيك والكيمياوي والانتاج والمعادن، والسيطرة والنظم)، بعدها على الطالب المقبول ان يجتاز مرحلتين (الرابعة والخامسة) في القسم, خلال المرحلة الرابعة يدرس الطلبة مناهج هندسية عامة ومتنوعة تضم حوالي 35% من مجموع الساعات المنهجية هي الأساس للاختصاصات المذكورة فيما تبلغ حصة المواد النووية 30% والنسبة الباقية هي مناهج في مبادئ الهندسة العامة. في المرحلة الأخيرة أي المرحلة الخامسة معظم المناهج مركزة باتجاه الهندسة النووية والتي تكون بنسبة 85%، بينما تكون نسبة 15% مخصصة  للمشروع الهندسي الذي يقدمه الطالب كبحث للتخرج مع مراعاة أن يكون هذا البحث متعلقا بتطبيقات ومفاهيم الهندسة النووية. بعدها يحصل الطالب على شهادة البكالوريوس بعد قضاء خمس سنوات درسية يقضي ثلاثة منها في قسمه الأصلي (أحد الأقسام الآنفة الذكر) والسنتين الأخيرتين يقضيهما في قسم الهندسة النووية. تخرجت أول دفعة  سنة 1984/1985, وكان عدد خريجي تلك الدورة خمسة عشر طالبا.

في عام 1987 تم استحداث  دراسة الماجسيتر في الهندسة النووية ، وتم تخريج أول دورة عام 1990، أما دراسة الدكتوراه فقد تم استحداثها عام 1992 وتخرجت اول دورة عام 1997.

في العام الدراسي 1996/1997 بدأ القسم يستقبل خريجي الدراسة الثانوية لتكون مدة الدراسة في القسم أربع سنوات، وهذا البرنامج أعطى فرصة لتغطية عدد أكبر من المواد المتعلقة بالهندسة النووية ( مثل تطبيقات الهندسة النووية والتحليل والتشغيل للمفاعل النووي) ضمن المرحلتين الثالثة والرابعة.

وفي العام الدراسي 1997/1998 استحدث قسم هندسة الميكاترونيك ليكون تابعا لقسم الهندسة النووية وكانت مدة الدراسة فيه سنتين واستمر العمل به الى سنة 2001 وتم تخريج وجبة واحدة فقط في سنة 1999 وفي سنة 2001 تم فصل هذا القسم عن قسم الهندسة النووية وذلك بعد افتتاح كلية هندسة الخوارزمي حيث تم اعتباره أحد أقسامها.

في العام الدراسي 2008/2009 تم تغيير استراتيجية القسم من خلال توسيع دائرة التخصص في مجال الطاقة ليشمل انواع اخرى من الطاقة خصوصا انواع الطاقة المتجددة (مثل الطاقة الشمسية وطاقة الرياح والطاقة المائية….إلخ) وهذا يتماشى مع توجهات العالم، ومع هذا التوسع لم تهمل دراسة الطاقة النووية في القسم وإنما تم توسيعها لتشمل طاقة الإندماج النووي وهندسة المعجلات.