تدعم مختبرات هندسة الموارد المائية التعلم التطبيقي والبحث في مجالات الحاسوب والهيدروليك والتربة ونوعية المياه والمساحة.
مختبر البرمجة
يعنى المختبر بتدريب الطلبة على أساسيات نظام التشغيل والبرمجيات المكتبية والتطبيقات الهندسية مثل AutoCAD وMATLAB، ويدعم تدريب طلبة المراحل المنتهية على البرمجيات المرتبطة بتخصصهم.
مختبر الهيدروليك
يدعم التجارب الأساسية في ميكانيك الموائع والمضخات والقنوات المفتوحة والأنابيب وأجهزة القياس، بما في ذلك تجارب الهيدروليك المتقدمة.
مختبر التربة
يتيح إجراء تجارب على خواص التربة والمياه وقياس جريان المياه وغسل الأملاح ونوعية مياه الري، ويساند بعض بحوث الدراسات العليا.
مختبر نوعية المياه
يتيح للطلبة تحليل نماذج المياه السطحية والجوفية ومخلفات المصانع ومياه الصرف وفق المعايير المعتمدة، ويدعم التدريب على أساليب الفحص والتحليل.
مختبر المساحة
ينمّي مهارات العمل المساحي الميداني باستخدام الأجهزة الحديثة والتجارب العملية التي تغطي متطلبات تخصص هندسة الموارد المائية.